SSOP đóng một vai trò rất quan trọng trong việc hỗ trợ cho hệ thống HACCP/ ISO 22000. Khi các quy trình vận hành tiêu chuẩn vệ sinh đã được hòan chỉnh thì HACCP có thể hữu hiệu hơn bởi vì nó có thể tập trung vào những rủi ro liên quan đến thực phẩm hoặc việc chế biến thực phẩm.

Cấu trúc của SSOP sẽ biến đổi tùy theo tiện nghi, mỗi tiện nghi đều được thiết kế khác nhau. Các Quy trình vận hành tiêu chuẩn vệ sinh (SSOP) phải được văn bản hóa trong khi các Chương trình Thực hành sản xuất tốt thì lại không cần. Tuy nhiên, các GMP thường là một phần trong các quy trình SSOP và trong các hướng dẫn họat động.

Các kiểm sóat vệ sinh có thể nằm trong chương trình HACCP. Tuy nhiên, trong chừng mực là một sự giám sát, các giám sát vệ sinh không cần thiết phải nằm trong chương trình HACCP và ngược lại

Trong quá trình sản xuất, mỗi công ty chế biến phải thường xuyên kiểm sóat các điều kiện và cách vận dụng để bảo đảm, tối thiểu, phù hợp với các điều kiện và cách vận dụng thích hợp cho nhà máy và lọai thực phẩm đang được chế biến mà còn liên quan đến các vấn đề:

1. Tính an tòan của nguồn nước sử dụng cho thực phẩm hoặc các giao diện tiếp xúc với thực phẩm, hoặc dùng để sản xuất đá;

2. Điều kiện và tính vệ sinh của các giao diện tiếp xúc với thực phẩm, kể cả các dụng cụ, găng tay và quần áo bảo hộ;

3. Ngăn ngừa sự ô nhiễm chéo từ các vật thiếu vệ sinh xâm nhập vào thực phẩm, vật liệu đóng gói thực phẩm và các giao diện khác tiếp xúc với thực phẩm, kể cả các dụng cụ, găng tay và quần áo bảo hộ, và từ các sản phẩm nguyên liệu truyền sang các sản phẩm đang chế biến;

4. Bảo trì các tiện nghi rửa tay, làm vệ sinh tay và tiện nghi vệ sinh;

5. Bảo vệ không cho thực phẩm, vật liệu đóng gói thực phẩm và các giao diện tiếp xúc với thực phẩm bị ô nhiễm bởi dầu nhờn, nhiên liệu, các loài côn trùng, hoá chất lau chùi, chất làm vệ sinh, chất kết tủa và các hoá chất khác, các chất gây ô nhiễm về vật lý và sinh vật.

6. Dán nhãn, bảo quản và sữ dụng các hoá chất có độc tính.

7. Kiểm soát tình trạng sức khỏe của nhân viên, nguyên do có thể gây nên sự ô nhiễm vi sinh vật cho thực phẩm, các vật liệu đóng gói thực phẩm và các giao diện tiếp xúc với thực phẩm, và

8. Diệt sạch các côn trùng ở nhà máy thực phẩm